Uno de los aspectos más distintivos de la Filosofía de la Ciencia de Lakatos radica en la importancia que otorga a la Historia de la Ciencia. Desde una perspectiva científica y metodológica, Lakatos cambia la unidad de evaluación de la metodología propuesta por Popper, que eran teorías aisladas (una unidad abstracta), por la noción histórica de Series de Teorías o Programas de Investigación Científica. A nivel metacientífico o metametodológico, Lakatos introduce una nueva teoría: los Programas de Investigación Historiográfica para evaluar metodologías rivales. Las diferentes metodologías pueden compararse y criticarse a través de las Reconstrucciones
Racionales a las que conducen, sin necesidad de hacer referencia directa a alguna teoría lógica o epistemológica específica.